La Nefrología es la especialidad clínica que trata las enfermedades de todo el aparato urinario en su totalidad. Es una de las ramas de la Medicina que profundiza y se preocupa de las dolencias y enfermedades del riñón.
 
La Sección de Nefrología de Clínicas Mater Dei cuenta con connotados especialistas que han producido hitos importantes para la medicina hondureña, siendo los primeros en realizar trasplantes renales con donante vivo mediante laparoscopía, procedimientos dialíticos continuos y unidad de atención nefrológica intermedia. Proporcionando atención continua para pacientes nefrológicos graves dentro y fuera de la institución,  salas de hospitalización,  una Unidad de Diálisis y atención ambulatoria para nefrología general, trasplante renal e hipertensión arterial.